寺門伝記補録第五・三尾明神祠、及び古説によれば
三尾明神は次の如く言い伝えられています。
その昔、伊弉諾尊が長等山に降りられ地主神となられました。
この神は常に赤・白・黒色の腹帯をつけておられ、
三つの尾に見えたため三尾明神と名づけられました。

ある時、その腰帯が赤尾神・白尾神・黒尾神となられます。
赤尾神が本神とされ、
はるか昔の卯の年・卯の月・卯の日・卯の刻（午前5～7時）・卯の方（東）より
長等山の琴緒谷に現れたとされます。
琴緒谷とは三尾神社・園城寺（三井寺）周辺を呼ばれており、
昔、この谷を流れる清流に天人が舞い降り、
琴や笛を奏で舞戯、歌詠みし神を慰めたといわれています。
白尾神は文武天皇の大宝年間（701年～704年）の夏に
現在の三尾神社の地に出現とされています。
黒尾神は称徳天皇の神護景雲3年（769年）3月14日（第二の卯の日）に
鹿関（現在の長等小学校東側）に出現とされています。
三神とも御本体は一つで伊弉諾尊となっています。

近江国高島郡三尾明神の鎮座地は三尾が崎と呼ばれ、
養老年間（717年～724年）に道明・徳道の二僧が長谷寺の観音像を作ったが、
その像材が三尾が崎より流出して大津の浜に到着、
材木の上に三匹の子蛇が忽然と這い出て陸に登り、
西野山を望んで去っていったとされ、
それが三尾明神であるとも伝えられています。
この故事に基づき、
中保町の氏子中が藁で蛇を作り、
一年の悪疫退散をお祈りする祭儀を蛇打ちと言い、
1月に行われます。


貞観元年（859年）卯の年に園城寺（三井寺）初代長吏に就任した円珍は、
赤尾神を園城寺（三井寺）の鎮守として祀ることにし社殿を建立、
室町時代応永33年（1426年）足利将軍が現存の本社を再興、
慶長14年（1609年）には太閤秀吉により社殿の修理が行われました。

神社が現在地に移ったのは明治9年5月12日、
明治14年に郷社に加列、
明治22年には内務省古社保存資金下附、
明治43年に県社に昇格。
また、平成21年11月には本殿が滋賀県有形文化財に、
さらに平成26年10月には国の重要文化財に指定されました。
（資料提供：三尾神社）

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三尾神社が卯の年・卯の月・卯の刻・卯の方より出現されたという言い伝えにより、
三尾神社では昔から兎が神様のお使いとされています。

神社のいたるところにあるうさぎを探してください。